Najczęściej zadawane pytania dotyczące wirusa ASF wykrytego w Barcelonie

Jak klasyfikowane są wirusy ASF?

Wirus afrykańskiego pomoru świń (ASFV) został sklasyfikowany na różne genotypy na podstawie sekwencji genu B646L, kodującego białko p72, będące głównym składnikiem wirusa. Na podstawie tej sekwencji opisano dotychczas 24 różne genotypy krążące na kontynencie afrykańskim.

Poza Afryką stwierdzono występowanie jedynie następujących genotypów:

• Genotyp I: obecnie krążący w Azji, odpowiedzialny za pandemię, która pojawiła się w latach 60.
• Genotyp II: dominujący genotyp w obecnej pandemii, której początek odnotowano w Gruzji w 2007 roku.

Europejskie laboratorium referencyjne zaproponowało klasyfikację według grup genetycznych w obrębie genotypu II, opartą na różnicach w sekwencjach sześciu zmiennych regionów genomu wirusa.

Na podstawie różnic stwierdzonych w tych regionach opisano łącznie 28 grup genetycznych, przy czym grupa genetyczna #1 reprezentowana jest przez szczep Georgia 2007.

Proponowane nazewnictwo dla szczepu wykrytego w Barcelonie to SP25WB2611, w skrócie Sp25.

Szczep wykryty w Barcelonie (Sp25) różni się od dotychczas znanych szczepów i dlatego został sklasyfikowany w nowej grupie genetycznej: #29.

Niektóre grupy genetyczne izolowano wyłącznie u świń domowych, inne jedynie u dzików, a część u obu gatunków. Niektóre grupy, takie jak #3 czy #19, występują w różnych krajach, jednak większość wykryto jedynie na określonym obszarze geograficznym. Istnieją również regiony, w których krąży więcej niż jedna grupa genetyczna, np. Federacja Rosyjska (#1, #2, #3, #4 i #7) oraz Rumunia (#3, #7, #19, #21, #22 i #24).

Genom szczepu Sp25 posiada dużą delecję o wielkości około 10 Kb na lewym końcu genomu, a także łącznie 27 SNP (Single Nucleotide Polymorphisms — polimorfizmów pojedynczego nukleotydu, czyli mutacji punktowych powodujących zmianę pojedynczego nukleotydu w sekwencji wirusa) w porównaniu ze szczepem Georgia 2007.

Jak wygląda rozmieszczenie przestrzenne i czasowe sekwencji dostępnych w GenBank, z którymi porównuje się nowe szczepy?

Chociaż od 2007 roku w Europie wyizolowano wiele szczepów ASFV, liczba dostępnych sekwencji jest w porównaniu z tym bardzo niewielka.

Wiedza na temat geograficznego rozmieszczenia grup genetycznych zależy od liczby próbek zsekwencjonowanych i opublikowanych w poszczególnych krajach. W wielu państwach, w których ASF występuje, wyniki nie są sekwencjonowane i/lub publikowane.

Analizy sekwencyjne szczepu Sp25 przeprowadzone przez IRB i BSC w Barcelonie wykazały jego filogenetyczne pokrewieństwo ze szczepami izolowanymi podczas ognisk ASF w krajach europejskich po rozprzestrzenieniu się szczepu Georgia 2007 na kontynencie (Rysunek 1). Szczep Sp25 należy do linii, która oddzieliła się bardzo wcześnie, dlatego znacząco różni się od szczepów odpowiedzialnych za najnowsze ogniska w Europie Środkowej i Zachodniej. Jak pokazuje drzewo filogenetyczne, sekwencja ta jest bliżej spokrewniona z wirusami wykrytymi w Rosji w 2019 roku niż ze szczepami izolowanymi w Europie Środkowej i Zachodniej, jednak nadal wyraźnie różni się od wszystkich szczepów, dla których uzyskano pełny genom, w tym również rosyjskich — zarówno pod względem wspomnianej delecji, jak i ponad 20 SNP.

ASFV określany jest jako bardzo duży i bardzo stabilny wirus DNA. Ile zmian musi posiadać izolat ASF, aby został uznany za odrębny szczep?

W kontekście ASFV w Europie Europejskie Laboratorium Referencyjne uznaje, że izolat wirusa stanowi odrębny szczep, jeśli zostaje sklasyfikowany jako nowa grupa genetyczna.

Liczba wykrywanych SNP wskazuje na czasowe oddalenie danego szczepu od „oryginalnego” szczepu Georgia 2007. ASFV jest dwuniciowym wirusem DNA, a więc wirusem bardzo stabilnym. Biorąc pod uwagę niskie tempo mutacji wirusa, różne SNP obecne w szczepie Sp25 musiały akumulować się przez długi okres od momentu oddzielenia się od Georgia 2007. Według najnowszych szacunków okres ten może wynosić około 10–15 lat ewolucyjnej dywergencji (szacunki dr. Toniego Gabaldóna, IRB).

Jeśli jest to tak stabilny wirus, czy delecja 10 000 par zasad obserwowana w szczepie wykrytym w Barcelonie mogła powstać naturalnie?

Naturalna dynamika ewolucyjna samego wirusa prowadzi do powstawania tego typu delecji genetycznych. W obrębie genotypu II delecje w tym samym regionie, o różnej długości i obejmujące różne geny, stwierdzano zarówno w Afryce (Ambagala et al., 2023), jak i w Europie (Zani et al., 2018; Torresi et al., 2025).

Tego typu delecja wykorzystywana jest w niektórych kandydatach na szczepionki. Czy to oznacza, że nie może występować naturalnie?

Ten rodzaj delecji w genomie ASFV występuje naturalnie, ale może być również generowany laboratoryjnie podczas tworzenia kandydatów na szczepionki. Warto podkreślić, że obecnie w trakcie opracowywania kandydatów szczepionkowych do genomu wirusa zwykle wprowadza się egzogenny marker (ze względów technicznych), aby można było odróżnić go od szczepu wyjściowego. W rezultacie kandydaci na szczepionki są łatwo identyfikowani poprzez sekwencjonowanie. Szczep Sp25 nie zawiera żadnego egzogennego markera. Ponadto większość kandydatów na szczepionki tworzona jest na bazie niewielkiej grupy laboratoryjnych szczepów bardzo podobnych do siebie oraz do pierwszego izolatu obecnej epidemii — Georgia 2007.

Czy rekombinacja pomiędzy różnymi szczepami ASF jest zjawiskiem częstym?

Aby doszło do rekombinacji, komórka gospodarza musi zostać jednocześnie zakażona dwoma różnymi szczepami. Zjawisko to nie jest tak częste jak w przypadku wirusów RNA o segmentowanym genomie (jak wirus grypy), jednak występuje również w przypadku ASFV. Rekombinacje pomiędzy genotypami I i II opisano w Chinach (Zhao et al., 2023), a ten sam rekombinowany wirus rozprzestrzenił się następnie do innych krajów, m.in. Rosji i Wietnamu. Im więcej różnych szczepów krąży na tym samym obszarze, tym większe prawdopodobieństwo wystąpienia takich rekombinacji. Wzorzec mutacji wykrytych w szczepie z Collserola jest rozłożony na całym genomie, a nie ograniczony do jednego regionu, co sprawia, że pochodzenie rekombinacyjne jest mało prawdopodobne.

Wiele mówi się o tym, że szczep wykryty w Barcelonie nie jest wysoce zjadliwy. Czy rzeczywiście tak jest?

Delecja zidentyfikowana w szczepie Sp25 może być związana z niższą zjadliwością, co wykazano w przypadku innych szczepów posiadających delecje w tym regionie. Istnieją jednak przykłady szczepów o wysokiej zjadliwości z podobnymi delecjami, dlatego nie można wyciągać jednoznacznych wniosków. Zjadliwość szczepu Sp25 będzie można ocenić dopiero po przeprowadzeniu eksperymentalnych zakażeń świń lub dzików w kontrolowanych warunkach.

Jedyną pewną informacją na ten moment jest to, że jest to szczep śmiertelny dla dzików, a obserwowany przebieg choroby jest porównywalny z tym opisywanym podczas innych europejskich ognisk wywołanych szczepami klasyfikowanymi jako wysoce zjadliwe.

Rysunek 2 przedstawia rekonstrukcję czasową przypadków ASF u dzików w trakcie obecnego ogniska, przy uwzględnieniu faktu, że data znalezienia tuszy zwykle nie odpowiada rzeczywistej dacie śmierci zwierzęcia. W każdym przypadku określono prawdopodobny przedział czasowy śmierci dzika, oszacowany na podstawie stopnia rozkładu tuszy. Chociaż dokładna data pierwszych padnięć nie może zostać określona z dużą precyzją, szacowane przedziały dla pierwszych znalezionych tusz wskazują, że śmiertelność związana z ogniskiem rozpoczęła się kilka miesięcy przed wykryciem pierwszego przypadku, prawdopodobnie około września. Oznacza to, że ASFV rozprzestrzeniał się początkowo niezauważenie, prawdopodobnie na niskim, ale stałym poziomie, aż do momentu wykrycia. Początkowa faza ogniska, rozwijająca się powoli, odpowiada introdukcji i utrwaleniu ASFV w populacji dzików, po czym następuje faza epidemiczna, widoczna jako zmiana nachylenia krzywej. Warto zauważyć, że przebieg tego ogniska nie różni się znacząco od obserwowanego w ostatnich ogniskach ASF w Europie.